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Nach einem schweren Autounfall erwacht die junge Michelle (Mary Elizabeth Winstead, 'Stirb langsam - Ein guter Tag zum Sterben') im Bunker des Überlebensexperten Howard (John Goodman, 'Argo'). Der behauptet, er habe sie mit der Bergung vor dem sicheren Tod bewahrt, da die Erdoberfläche durch eine Katastrophe apokalyptischen Ausmaßes verseucht und unbewohnbar geworden sei. Als Howards Glaubwürdigkeit durch sein verdächtiges Verhalten zusehends schwindet, wird Michelle klar, dass eine Flucht ihre einzige Chance ist, um die Wahrheit herauszufinden

Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen. Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei dem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, dass hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebendem wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muss Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muss alles dransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen....